آیت الله محمدتقی بافقی (ره) در ۱۲۹۲ق در شهر بافق از توابع یزد به دنیا آمد.[۱] وی فرزند بازرگانی به نام حاج محمدباقر بود. تحصیلات دینی خود را در ۱۴ سالگی در یزد آغاز کرد و فقه و اصول را نزد حاج میرزا سیدعلی لب‌ِخندقی (ره) آموخت. در سال ۱۳۲۰ق عازم نجف شد و در درس عالمانی مانند آخوند ملامحمدکاظم خراسانی (ره) و سیدمحمدکاظم یزدی(ره) و میرزا حسین نوری (ره) شرکت کرد. پس از ۱۷ سال به کربلا رفت و نزد حاج سیداحمد موسوی کربلایی (ره) به تحصیل و تهذیب اخلاق پرداخت. بعدها در ۱۳۳۶، یا ۱۳۳۷ق، به ایران بازگشت و در قم، در محله باغ پنبه ساکن شد[۲] و در کنار دو روحانی بزرگ شهر، آیت اللّه کبیر (ره) و آیت اللّه فیض(ره)، به احیای حوزه علمیه قم و اجرای خدمات دینی پرداخت.
در ۱۳۰۱ ش، با ورود شیخ عبدالکریم حائری (ره) به قم، تلاش‌ها برای احیای حوزه علمیه قم به نتیجه رسید. عده‌ای از علمای بزرگ شهر، از جمله آیت الله بافقی(ره)، شیخ عبدالکریم حائری (ره) را ترغیب کردند که در قم بماند و خود را وقف احیای حوزه علمیه قم کند. آیت الله بافقی (ره) یکی از دستیاران عمده آیت الله حائری (ره) شد و مسئولیت تهیه لباس و رسیدگی به امور طلاب را که تعدادشان روزبه‌روز بیشتر می‌شد، بر عهده گرفت و نیز، در غیاب آیت اللّه حائری(ره)، به جای او اقامه جماعت می‌کرد. علاوه بر این، بر ساختن سه مسجد جدید نظارت داشت و گاه خود در کار ساختمان مشارکت می‌کرد.
تلاش مجدّانه او در امر به معروف و نهی از منکر، در شیوه زندگی مردم بسیار مؤثر بود. از جمله اینکه وی توانست سلمانی‌های قم را متعهّد سازد که ریش مشتریان را نتراشند. یک بار، دولت خواست آیت الله بافقی (ره) و سایر علما را از این کار بازدارد، اما وقتی با جواب تند آیت الله بافقی (ره) که رضاخان را با فراعنه مقایسه می‌کرد روبرو شد، موقّتاً از اصرار خود چشم پوشید. آیت الله بافقی (ره) به گوشزدهای شفاهی قانع نبود، چنانکه گفته شده، چندین نامه به رضاخان نوشت و از وی خواست تا سیاست‌هایی را که به نظر علما مخالف با اسلام است، تغییر دهد.
درگیری آیت الله بافقی (ره) با رضاخان در فروردین ۱۳۰۷ به اوج خود رسید. در این سال، همسر رضاخان و گروهی از زنان دربار، برای حضور در مراسم نوروزی، دوشنبه ۲۹ اسفند ماه ۱۳۰۶، وارد حرم حضرت فاطمه معصومه علیها السلام شدند[۳] و در غرفه بالای ایوان آیینه دقایقی بی‌چادر ماندند.[۴] وقتی آیت الله بافقی (ره) از این ماجرا آگاه شد، پیغامی برای زنان فرستاد و به حضور آنان در حرم، بدان وضع اعتراض کرد و چون مؤثر واقع نشد، شخصاً به آنجا آمد و از ایشان خواست تا حرم را ترک کنند.
خانواده شاه به خانه تولیت رفتند و این واقعه را به تهران خبر دادند. رضاخان بی‌درنگ، همراه با وزیر دربار و یک فوج زرهی، از تهران روانه قم شد، نظامیان را در منظریه قم مستقر کرد و خود به همراه عده‌ای از گارد، وارد شهر شد.[۵] رضاخان با چکمه وارد حرم شد و افراد گارد، عده‌ای را مضروب و آیت الله بافقی (ره) را دستگیر کردند. غیبت موقت آیت الله حائری (ره) از قم، به دربار در این اقدام جرأت بخشیده بود. رضاشاه شخصاً آیت الله بافقی (ره) را زیر لگد انداخت و به ناسزا گرفت[۶] و به زندان تهران فرستاد، و در یکی از جلسات هیئت دولت، واقعه را برای حاضران گزارش کرد. آیت الله حائری (ره) از طلابی که حاضر و ناظر صحنه بودند درباره عکس العمل مردم پرسید، وقتی که فهمید مردم با تأسف خوردن و بدون عکس العمل، به تدریج پراکنده شدند، فتوا داد که «صحبت و مذاکره در اطراف قضیه اتفاقیه مربوط به شیخ محمدتقی (بافقی) برخلاف شرع انور و مطلقاً حرام است».[۷] آیت الله بافقی (ره) پس از چند ماه، بر اثر اقدام آیت اللّه حائری(ره)، از زندان آزاد ولی به شهر ری تبعید شد و در آستان حضرت عبدالعظیم علیه السلام به امامت جماعت و حلّ و فصل امور دینی پرداخت. وی به لحاظ تقوا و صداقت و روحیه مساعدت به مردم از محبوبیت بسیار برخوردار بود. سرانجام، در ۱۳۱۴ش توانست به مشهد سفر کند.
با عزل رضاخان در ۱۳۲۰ ش، آیت الله بافقی (ره) از تبعید رهایی یافت. پس از بازگشت به قم، در مدت کوتاهی که در آنجا اقامت داشت، از گشودن دکان‌های مشروب فروشی در آن شهر جلوگیری کرد.
وی سپس از قم، عازم شهرهای مقدس عراق شد و حدود یک سال در آنجا به سر برد؛ امّا سال‌های آخر عمر را در ری سپری کرد. آیت الله بافقی (ره) در ۱۲ مرداد ۱۳۲۵ شمسی درگذشت و در مسجد بالاسر حرم مطهر حضرت فاطمه معصومه علیها السلام دفن شد.
