آیت الله شهاب الدین اشراقی (ره) در شامگاه سیزدهم رجب سال ۱۳۴۴ هجری قمری (۱۳۰۴ هجری شمسی) در محله «سیدان» قم، در خانواده‌ای متمکن و اهل علم دیده به جهان گشود.
کودکی و نوجوانی وی در محله «سیّدان» قم گذشت، سیکل اول را در مدرسه اوحدی خواند و سپس به دبیرستان حکیم نظامی ـ‌دبیرستان امام صادق(ع) امروزی‌ـ رفت و در همان‌جا دیپلم گرفت. تا این زمان زندگی وی همچون اغلب هم‌کلاسی‌هایش می‌گذشت، درس می‌خواند، کمی مطالعه غیردرسی داشت، به زبان فرانسه علاقه نشان می‌داد و شروع به یادگیری آن کرد و بعد از مدتی به زبان فرانسه مسلط شد.
آیت‌الله شهاب‌الدین اشراقی (ره) حدود سال ۱۳۲۱، بلافاصله بعد از اتمام دوره دبیرستان وارد حوزه علمیه قم شد. ادبیات و منطق و فن تفسیر را از پدرش آموخت، فلسفه را نزد علامه طباطبایی(ره)، شرح لمعه را از حاج شیخ جعفر صبوری قمی(ره) و بخشی از سطوح را نیز از حاج سیدمحمدباقر سلطانی طباطبایی(ره) فراگرفت. سپس خارج فقه و اصول را در محضر آیات عظام حائری(ره)، بروجردی(ره)، محقق داماد(ره) و امام خمینی (ره) آموخت. وی به همراه چند تن از نخبگان حوزه درس‌های خصوصی حاج‌آقا روح الله (ره) را فرامی‌گرفتند و خصوصاً شاگردی این مرجع، به مدت دوازده سال از سوی شهاب‌الدین اشراقی (ره) باعث شد تا وی به درجه اجتهاد نائل آمده و شاگردانی همچون آیت‌الله محمدی گیلانی (ره) را در محضر خود بپروراند.
آیت‌الله شهاب‌الدین اشراقی (ره) در طول حدود دوازده سال شاگردى در محضر حضرت امام خمينى(ره)، مورد توجه خاص استاد قرار گرفت و به شرف دامادى ايشان نائل آمد. ایشان در دی‌ماه ۱۳۲۹ سرکار علیه خانم صدیقه مصطفوی دختر ارشد امام خمینی (ره) را خواستگاری کرد.
امام خمینی(ره) پس از تبعید از ایران، به ترکیه، پسر ارشد خود، آیت‌الله مصطفی خمینی (ره) را وکیل خود در کلیه امور می‌نماید و پس از دستگیری آقا مصطفی (ره) این وکالت به آیت‌الله اشراقی (ره) محول می‌گردد. این انتخاب در شرایطی که رهبر تبعیدی نهضت اسلامی، برادری بزرگتر و شاگردان و وابستگان دیگری هم داشت، یک نشانه مهم محسوب می‌شد و از اهمیت فوق‌العاده‌ای برخوردار بود.
در همین زمان است که اداره کل سوم ساواک در نامه‌ای به ریاست ساواک نام دوازده روحانی افراطی و ازجمله شیخ شهاب اشراقی (ره) را به عنوان روحانیون افراطی در لیست روحانیون ممنوع‌المنبر قرار می‌دهد. کلیه حرکتهای آیت‌الله اشراقی (ره) زیر نظر ماموران ساواک قرار می‌گیرد و بالاخره ساواک تصمیم به تبعید ایشان به نجف می‌گیرد اما با اعلام مخالفت علمای اعلام مجبور به تبعید ایشان به همدان می‌شود. به هر حال در چهارمین روز از ماه اردیبهشت سال ۴۵ آیت‌الله شهاب‌الدین اشراقی(ره) تبعید گردید. اما در آنجا هم زیر نظر مامورین ساواک قرار داشت.
آیت‌الله شهاب‌الدین اشراقی(ره) بعد از شش ماه تبعید در همدان و در پی کسب اجازه بیست روزه برای ادامه معالجات به تهران رفت و ساواک با وجود پادرمیانی علما، نه تنها از بازگشت ایشان به قم ممانعت کرد که در ابتدا قصد داشت داماد رهبر نهضت اسلامی را برای گذراندن ادامه دوران تبعید به یکی از شهرهای زاهدان و اهواز بفرستد که بالاخره به اقامت وی در تهران رضایت داد.
پایان یافتن دوران تبعید آیت‌الله اشراقی (ره) در آخرین ماه‌های سال ۱۳۴۸ و بازگشت وی به قم، دوره تازه‌ای از زندگی این روحانی را رقم زد. به نظر می‌رسد که در این زمان آقای اشراقی (ره) کوشیده است تا در کنار ادامه فعالیت‌های سیاسی‌اش، به تکمیل مطالعات خود بپردازد. و همچنین به تدریس و پرورش طلاب جوان ادامه بدهد. تألیف کتاب پاسداران وحی به همراه آیت‌الله فاضل لنکرانی (ره) در پاسخ به کتاب شهید جاوید آیت‌الله صالحی نجف‌آبادی (ره) در این دوره اتفاق افتاد. و همچنین تکمیل برخی از آثار تفسیری وی به نام سخن حق در تفسیر قرآن کریم و کتاب چهره‌های درخشان که شرحی مبسوط در رابطه با آیه مبارکه تطهیر میباشد نیز در این دوره منتشر شدند.
آیت‌الله اشراقی (ره) در این زمان نیز نقش خود را به عنوان مشاوری امین برای رهبر انقلاب ایفا کرد، در این زمان، خصوصاً با نیاز به افراد مورد اعتماد برای تصدی پست‌های حساس لشگری و کشوری، آیت‌الله اشراقی(ره) مسئولیتی بزرگ به دوش داشت. امام (ره) در اواخر سال ۵۷ به قم رفتند و اواخر سال بعد نیز به دلیل بیماری قلبی به تهران باز‌گشتند و پس از بهبود در جماران اقامت گزیدند. از ورود امام (ره) در دوازدهم بهمن سال ۵۷ به ایران تا ۲۱ شهریور سال ۶۰ که آیت‌الله اشراقی(ره) وفات یافتند؛ به صورت غيررسمى مسئولیت دفتر امام و رسيدگى به امور مراجعين را بر عهده داشت.
آیت‌الله اشراقی(ره) یکبار در بهمن ماه ۱۳۵۸ بر اثر سکته قلبی بستری شد. سکته دوم وی در مأموریتی که از سوی امام خمینی (ره) برای رسیدگی به خانواده بازماندگان اتفاقات نوژه به وی محول شده بود در مرداد ماه سال ۱۳۶۰ در شهر همدان رخ داد و بر اثر سومین سکته در ۲۱ شهریور ماه سال ۱۳۶۰ درگذشت و در قم، در مسجد بالا سر در جوار مرقد مطهر کریمه اهل بیت حضرت فاطمه معصومه علیهاالسلام به خاک سپرده شد.
