آیت الله سید مصطفی صفایی خوانساری (ره) در ماه ربیع المولود سال ۱۳۲۱ه. ق ( ۱۲۸۱ه. ش) در شهرستان خوانسار، چشم به جهان گشود. وقتی به سن تحصیل رسید، به مكتب رفت. سپس به تحصیل مقدمات علوم حوزوی روی آورد و با حافظه قوی و هوش سرشاری كه داشت، در نوجوانی روانه مدرسه علمیه «مریم بیگم» خوانسار شد. مقدمات را در محضر دایی بزرگوارش، مرحوم حجة الاسلام و المسلمین حاج سید علی رضوی خوانساری آموخت. سپس سطوح عالی را در محضر والد بزرگوارش، آیت الله حاج سید احمد صفایی خوانساری (ره) و شخصیت های علمی آن زمان خوانسار فرا گرفت و دروس سطوح را به پایان رساند.
آیت الله سید مصطفی صفایی خوانساری (ره) در سال ۱۳۴۰ه.ق برای كسب فیض از محضر آیت الله حائری(ره)، به قم هجرت كرد و چندین دوره در حوزه درس اصول و فقه ایشان شركت جست؛ به طوری كه در شمار خواص اصحاب مرحوم آیت الله حائری درآمد.
آیت الله سید مصطفی صفایی خوانساری (ره) برای استفاده از محضر درس اساتید بزرگ نجف اشرف، به حوزه علمیّه نجف مسافرت كرد. حدود یك سال مقیم آن شهر شد و سپس به قم بازگشت و تا آخر عمر آیت الله حائری (ره) در محضر درس ایشان به تحصیل پرداخت.
آیت الله خوانساری در كنار تحصیل، به تدریس، مباحثه و تألیف پرداخت و همچنین برای تحصیل معارف عقلی و علم كلام، فلسفه و عرفان، مدّتی در حوزه درس عارف بزرگ، آیت الله العظمی میرزا محمد علی شاه آبادی(ره) (وفات یافته سال ۱۳۶۳ه. ق) و آیت الله العظمی سید ابوالحسن رفیعی قزوینی(ره) (وفات یافته سال ۱۳۹۵ه. ق) شركت كرد و از حكمت و عرفان آن دو بهره ای فراوان برد.
یكی از بزرگان كه برای آمدن آیت الله العظمی بروجردی(ره) به قم، تلاش و اصرار فراوانی داشت و نقش مؤثّری ایفا كرد، مرحوم آیت الله سید مصطفی صفایی خوانساری(ره) است. او از مریدان خاص آیت الله بروجردی(ره) بود و تا آخر عمر استاد، در شمار اصحاب خاص و اعضای استفتای ایشان باقی ماند.
مرحوم آیت الله خوانساری(ره) از بدو ورود به قم در جرگه علاقمندان به حضرت امام خمینی(ره) قرار گرفت و ارتباط زیادی با ایشان داشت. علاوه بر این، مرحوم خوانساری(ره) در بسیاری از دروس، همراه و همدرس امام بود.
خداوند این توفیق را به مرحوم آیت الله خوانساری (ره) عنایت فرموده بود كه منیّت خویش را زیر پا بگذارد. او در نهایت سادگی، زندگی بسیار فقیرانه ای داشت و از ابتدایی ترین امكانات محروم بود. دیناری در بانك پول نداشت. پیوسته به صورت پیاده جهت اقامه نماز جماعت به مسجد و مدرسه و یا مجالس دیگر می رفت و برای تأمین حوائج روزمره اش شخصاً به نانوایی، قصّابی و بقّالی مراجعه می كرد.
آیت الله صفایی خوانساری (ره) در شامگاه روز پنجشنبه، مورّخ ۲۳/۷/۱۳۷۱ شمسی ( ۱۷ربیع الثانی ۱۴۱۳ق) در سن ۹۲سالگی (به سال قمری) وفات یافت.
ساعت ده صبح شنبه ۲۵/۷/۷۱ شمسی پیكر پك این عالم ربّانی را از مسجد امام حسن عسكری علیه السلام به طرف حرم مطهّر حضرت معصومه علیهاالسلام تشییع كردند. ده ها هزار نفر در تشییع جنازه كم نظیر او شركت داشتند.
آن روز اكثر درس های حوزه علمیّه قم تعطیل شد. فضلا، علما و مراجع در تشییع شركت كردند و به قول یكی از فضلا، حداقل دوست نفر مجتهد مسلّم بر جنازه او نماز خواندند. امامت نماز توسط حضرت آیت الله حاج شیخ ابوالفضل نجفی خوانساری(ره) انجام شد. سپس جنازه مطهّر را در حرم مطهّر حضرت معصومه علیهاالسلام طواف دادند و در مسجد بالاسر – جایی كه بیش از شصت سال در آن جا صبح ها اقامه نماز جماعت كرده بود. – به خك سپردند.
