آیت اللّه سیدفخرالدین سیدی قمی(ره) از چهره های برجسته دانش و فضیلت، در سال ۱۲۸۱ قمری در قم و در بیت اجتهاد و تقوا پا به عرصه وجود گذاشت. این سید جلیل القدر از سلسله سادات حسینی بوده و با ۳۵ واسطه نسبش به حضرت امام زین العابدین علیه السلام می رسد. هم چنین ایشان از نوادگان میرزای قمی (ره) می باشد و جد بزرگوار ایشان جناب میرزا ابوطالب قمی (ره) از شاگردان ممتاز میرزای قمی (ره) و داماد ایشان بود.
سیدفخرالدین(ره)، نخست علوم دینی را در محضر پدر آغاز نمود و پس از فراگیری دروس مقدماتی، به حوزه های علمیه تهران و اصفهان مهاجرت کرد و تحصیلات خود را پی گرفت.
این دانشور جوان پس از گذراندن دروس سطح برای تکمیل مدارج علمی و کسب فضایل اخلاقی، عازم عتبات عالیات گردید. وی چندی در حوزه علمیه نجف اشرف و مجاورت بارگاه ملکوتی جدش امیرالمؤمنین علیه السلام بهره مند شد. سپس در سال ۱۳۲۹ قمری به حوزه علمیه سامرا تشرف یافت و از محضر فرزانگان علمی و اخلاقی آن حوزه استفاده کرد. ایشان در ایام تحصیل در نجف و سامرا محضر اساتید بزرگی چون: شیخ حبیب اللّه رشتی(ره)، میرزای شیرازی (ره) و آخوند خراسانی (ره) را درک نمود و با آیت اللّه العظمی حاج شیخ عبدالکریم حایری(ره)، مؤسس حوزه علمیه قم هم بحث و هم دوره بود.
آیت اللّه سیدی (ره) پس از سال ها تحصیل و تهذیب نفس به زادگاه خود قم بازگشت و به تدریس و تحقیق علمی پرداخت. ایشان همچنین سال ها به اقامه جماعت و ارشاد و هدایت مردم اهتمام داشت.
آیت اللّه سیدفخرالدین سیدی (ره) در حوزه علمیه قم و در نزد بزرگان حوزه جایگاهی ویژه داشت و از منزلت والایی برخوردار بود.
مرحوم سیدی (ره) از دیرباز با حاج شیخ عبدالکریم حایری (ره) سابقه دوستی داشت و این سابقه دوستی که به دوران تحصیل و هم مباحثه بودنشان در نجف و سامرا بازمی گردد، در زمان اقامت آن دو در قم نیز هم چنان ادامه یافت و مرحوم حاج شیخ(ره)، روی این سابقه دوستی و اعتمادی که به آیت اللّه سیدی(ره) داشتند، اداره امور طلاب فیضیه را به ایشان واگذار کردند و در امور مهم حوزه و دیگر مسایل مهم روز، ایشان را یکی از طرف های مشاوره قرار می دادند.
این سید بزرگوار به دنیا و زخارف آن بسیار بی توجه بود. با این که مجتهدی مسلم و دارای مقام رفیع فضل و سیادت و مورد توجه عموم و افراد خیر و پولدار بود، اما زندگی را با زهد و پارسایی می گذرانید. ایشان در یک خانه محقر و قدیمی در کوچه های خیابان باجک (۱۹دی) که آن هم موروثی بود به سر می برد. در زندگی شخصی هیچ گاه از وجوه شرعی استفاده نکرد و به راحتی پول از کسی قبول نمی کرد. برخی اذعان داشته اند که زندگی آن مرحوم در حد زندگی فقرای قم بود. بسیاری از اقشار مختلف مردم آرزوی دست بوسی اش را داشتند، اما او به احدی اجازه این کار را نمی داد. هم چنین اجازه نمی داد کارهای شخصی او را دیگران انجام دهند. اگر پولی به دستش می رسید، آن را بین طلاب و فقرا تقسیم می کرد.
سرانجام آن پیر فرزانه و پرهیزکار پس از یک عمر تلاش علمی و معنوی، دار فانی را وداع کرده و روح مطهرش در شامگاه سوم شعبان المعظم سال ۱۳۶۳ قمری به ملکوت اعلی پر کشید. پیکر پاک آن عبد صالح خدا در میان حزن و اندوه علما و مردم متدین قم تشییع گردید و پس از اقامه نماز توسط مرحوم آیت اللّه العظمی مرعشی نجفی (ره)، در مسجد بالاسر حرم مطهر کریمه اهل بیت حضرت فاطمه معصومه سلام اللّه علیها و در کنار مرقد رفیق شفیقش مرحوم شیخ عبدالکریم حایری (ره) به خاک سپرده شد.