آیت الله سید محمدتقی خوانساری(ره) در ۱۳۰۵ق (۱۲۶۷ش) در خانواده‌ای که به علم، فضل و ادب مشهور بود در خوانسار به دنیا آمد. پدر او سید اسدالله موسوی خوانساری از تبار ابوالقاسم جعفر بن حسین خوانساری بود که نسب او به خاندان خوانساری و در نهایت به امام کاظم(علیه السلام) می‌رسد.[۱]
محمدتقی، تحصیل مقدمات علوم دینی را در خوانسار به پایان برد و در ۱۳۲۲ق برای ادامه تحصیل به عراق رفت. او نزد محمد کاظم خراسانی(ره)، سید محمد کاظم طباطبائی یزدی(ره)، شیخ الشریعه اصفهانی(ره)، محمد حسین نائینی(ره)، و آقا ضیاء عراقی(ره)، فقه و اصول آموخت و از عراقی اجازه اجتهاد نیز دریافت کرد. همچنین در حکمت و فلسفه اسلامی از درس شیخ علی قوچانی(ره) استفاده کرد.[۲]
در ۱۳۳۲ق با شروع جنگ جهانی اول و درگیر شدن حکومت عثمانی با دولت انگلیس و اشغال شدن بعضی از مناطق جنوبی عراق، شماری از طلاب و علمای نجف از جمله آیت الله خوانساری(ره) به مقابله با اشغالگران برخاستند. او در جبهه جنگ مجروح و پس از غلبه نیروهای انگلستان بر مجاهدان عراقی اسیر شد و به مدت چهار سال به منطقه سنگاپور که بخشی از آن مستعمره انگلیس بود ـ تبعید شد.[۳]
آیت الله خوانساری(ره) سپس به زادگاهش بازگشت و به دعوت شیخ عبدالکریم حائری یزدی(ره) راهی اراک شد و در حوزه علمیه آنجا به تدریس پرداخت. در ۱۳۴۰ق. همراه با آیت الله حائری یزدی(ره) برای تشکیل و توسعه حوزه علمیه به قم رفت و ضمن تدریس دروس فقه و اصول، در درس حائری یزدی نیز حضور یافت.
پس از وفات آیت الله حائری(ره) گروهی از علما و مردم مرجعیت او را پذیرفتند و او همراه با سید محمد حجت کوه کمره ای (ره) و سید صدرالدین صدر(ره) تا هنگام ورود حاج آقا حسین بروجردی (ره) به قم، مسئولیت رسیدگی به وضع طلاب و سرپرستی حوزه علمیه قم را برعهده داشت.[۴] آیت الله خوانساری (ره) در تثبیت مرجعیت حاج آقا حسین بروجردی(ره) و اقامت او در قم نقش جدی داشت.[۵]
آیت الله خوانساری (ره) در امور سیاسی نیز فعال بود. برخی از مهمترین فعالیت‌های سیاسی‌اش عبارت بودند از: حمایت از فدائیان اسلام، حمایت از جنبش ملی شدن صنعت نفت، فتوا به وجوب مشارکت در هفدهمین انتخابات مجلس شورای ملی ایران، معارضه با کشف حجاب زنان و حمایت از فلسطینیان در پی اشغال سرزمینشان در سال ۱۳۲۷ـ۱۳۲۶ش.[۶]
در سال ۱۳۲۳ش که بخش‌های مرکز ایران در اشغال متفقین بود، مردم با خشکسالی و قحطی بی‌سابقه‌ای مواجه شدند؛ از این رو مردم قم در شهریور آن سال از آیت الله خوانساری (ره) خواستند که به برگزاری نماز استسقاء اقدام کند، او سه روز پیاپی به همراه گروه زیادی از مردم (که برخی آن را ۲۰۰۰۰ نفر تخمین زده‌اند) راهی بیابان شد و نماز را به جا آورد در سومین روز باران تندی بارید و حتی لشکریان خارجی مقیم منطقه را شگفت‌زده کرد به طوری که خبر آن در مطبوعات آن زمان انعکاس گسترده‌ای یافت. چند تن از شاعران معاصر او در اشعاری که پس از درگذشت وی در مدحش سروده‌اند به این واقعه اشاره کرده‌اند.[۷] آیت الله شبیری (ره) که خود در واقعه نماز باران حضور داشته است در خاطرات خود گفته است که مردم برای نماز، دو روز بیرون رفتند و شب دوم باران بارید. به گفته او جمعیت ۲۰۰۰۰ نفر نبود.[۸]
آیت الله سید موسی شبیری زنجانی از پدرش نقل کرده است که: هنگامی که نظر آقای خوانساری(ره)، وجوب نماز جمعه می‌شود (به صورت فتوا یا احتیاط)، چون در قم نماز جمعه خوانده نمی‌شد، به من (یعنی سید احمد حسینی زنجانی، پدر سید موسی) پیشنهاد کرد که شما امامت جمعه کنید و ما هم شرکت می‌کنیم. طبق این نقل، هنگامی که سید احمد زنجانی (ره) می‌بیند جمعیت زیادی شرکت کرده اند، به اصرار از آقای خوانساری (ره) می‌خواهد که خودش امامت کند و وی نیز می‌پذیرد. پس از آن، هر وقت آقای خوانساری(ره) در قم نبود، آقای اراکی (ره) نماز جمعه را برگزار می‌کرد و هنگامی که هیچ یک از این دو نبودند سید احمد زنجانی (ره)نماز جمعه را برگزار می‌کرده است.[۹]
آیت الله سید محمد تقی خوانساری (ره) در ۷ ذی‌الحجه ۱۳۷۱ق (۱۳۳۱ش) در سفری که به همدان داشت بر اثر بیماری گوارشی و قلبی درگذشت و در مسجد بالاسر در حرم حضرت فاطمه معصومه علیها السلام در کنار قبر استادش آیت الله حائری یزدی(ره)، به خاک سپرده شد.[۱۰]
